云栖校区也就是西湖大学前身浙江西湖高等研究院的所在地，位于城市大脑的发源地云栖小镇。园区占地66亩，总建筑面积10.6万平方米，包括4栋科研楼、1栋办公楼和2栋学生公寓，于2017年3月启用。

园区内简洁大方，绿树成荫。其中，4栋主体建筑作为科研教学用房，可以提供约130个独立实验室。另外3栋作为办公、学生公寓、餐饮及后勤保障用房。

云栖校区可以满足西湖大学前3年的发展需求，云谷校区建设完成后，云栖校区将作为西湖大学的技术创新基地和成果转化基地。